Если частный дом на 2хозяина и двор у них общий то как в этом случае регистрируется этот участок земли на котором двор

Так это они должны знать, на кого он оформлен, а не мы. регистрировать на основании правоустанавливающих доков на землю. а они могут быть разными, либо их вообще может не быть, если дом, к примеру, муниципальный и имеет квартиры № 1 и № 2, пусть даже и приватизированные.