В каких случаях не переводят деньги с мат капитала продавцу?

Если вообще не подал заявление, то не будете перечисления.
если подал заявление, но не полный пакет доков, или недействителен паспорт заявителя например.
если лишены родит. прав, если маткапитала нет уже, - использован.
если купил не жилое помещение, а иное,
или жилое, но призн. аварийным в установл. порядке, т. е признано непригодным к проживанию.
если нет ребенку, за рождение которого маткапитал, - трех лет.
если купил со всей дури третьему лицу или в долевую собственность с третьим лицом, не явл. членом семьи (члены: лицо, имеющ. сертификат, его супруг и его дети).
если сделка с наруш. закона.
------------
вы пишите: "и что делать в случае отказа? ведь продавец деньги не вернет т к большая часть ему будет оплачена наличкой."
исполнять договор- платить остаток из собственных и/или заемных средств.
не заплатите, продавец может реш. суда взыскать долг по договору с процентами по ст. 395 гк рф.
или неисполненный договор расторгать соглашением сторон с возвратом в первонач. положение: объект -в собственность продавца, и деньги- обратно покупателю. тут соглашением (или ранее- договором) предусмотреть компенсацию продавцу за эту байду.
---
еще неизвестно, какой договор вы собираетесь заключать:
1. договор купли-продажи с рег. права собственности на основании договора покупателю.
будет зарегено обременение - ипотека в силу закона, ибо обязательства покупателя не исполнены полностью. после исполнения обязательств- полная оплаты выкуп. стоимости по договору. обременение снимается по заявлению сторон.
2. договор купли-продажи с рассрочкой платежа. когда переход права собств. на основании договора не регится покупателю до исполнения им всех обязательств. объект остается в собственности продавца. по срокам передачи объекта могут быть варианты.
после полного исполнения на основании заявления сторон, договора и акта об исполн. обязательств- регится переход права покупателю.
в этих двух случаях разный комплект доков предоставлять в пфр.
-------
3. можно вообще кредит в банке взять с залогом покупаемого жилого помещения (ипотека). первонач. взнос по дог. купли-продажи - собств. средства покупателя, остальное- кредитные.
продавец сразу все деньги получит. а покупатель - зарегит право собсвтеннсоти на оснвоании договора и обременение (ипотека).
а покупатель в пфр подаст заяву о погашении кредита маткапиталом.
если пфр откажет, то покупатель собственными средствами по кредиту будет расплачиваться.
в этом смысле продавец в безопасности.
после окончат. расчетов по кредит. договору - обременение- ипотека будет снято в установл. порядке.
этот вариант с покупкой и ипот. кредитом- единств. возможный для тех, у кого ребенку. за рождение которого выдан сертификат, не исполнилось трех лет.