Как обезопасить себя от выписки из квартиры если не проживаешь в ней.

Неизвестно, насколько бабушка- "хозяйка квартиры".
может быть бабушка -единственный собственник квартиры (или собственник доли в праве), и неизвестно, какое основание приобретения в собственность,
а может квартира муниципальная и бабушка -наниматель, а прочие- члены семьи нанимателя.
поэтому сначала это выясните,
потом будете интересоваться, могут ли (кто?) вас признать прекратившим право пользования реш. суда и на каком основании.
-----
от "прописки" не возникает имущественных прав, и прав пользования тоже,
наоборот, сначала чел вселяется на некоем законном основании в жилое помещение, потом регистрируется по месту жительства или месту пребывания в этом жилом помещении. регистрация - это административный акт, и обязанность граждан и возникает после вселения.
------------
почему вы не зарегены по месту жительства отца, если с ним фактически проживаете, - нам неведомо.
почему ваша мать не регистрируется по месту жительства там, где фактически проживает, - нам неведомо.
почему вы фактически проживаете с отцом, а не с матерью, если уверенно утверждаете, что "по закону должны жить с мамой", - нам неведомо.
на самом деле не "по закону с мамой", а место проживания ребенка ( с кем из родителей), если родители в разводе- определяется соглашением между родителями ребенка или реш. суда.
--------
возможно квартира муниципальная, соответственно у нанимателя и членов семьи нанимателя- равные права и обязанности, право на приватизацию,
ровно поэтому и мать там, и вы не живете (типа временно отсутствуете) по разным обстоятельствам, но за квартиру держитесь, зарегены, права и обязанности имеете (низвестно. исполняете ли обязанности- например плата за жилое помещение).
в принципе вас обоих с матерью можно реш. суда по ч. 3 ст. 83 жк рф признать прекративш. право пользования (не живете, не платите).
если бабушка- собственник и все остальные там- члены семьи собственника, то после смерти бабушки будут призваны к наследованию наследники по завещанию и\или по закону.
бабушка может составить завещание на кого хочет, а может и при жизни подарить кому хочет эту квартиру или долю в ней.
ваша мать- дочь вашей бабушки- ее наследник первой очереди по закону,
о наличии др. наследников первой очереди неизвестно (родители бабушки, ее супруг. др. дети бабушки или внуки от детей, умерших ранее бабушки).
---------------
никакого " укромного уголка" у вас нет в этой квартире.
если сестра подаст иск, будете с иском обращ. к юристу на очную консультацию.
--------------
если бабушку и маму "тревожит вопрос", то бабушка может на вас завещание написать- завещать именно вам эту квартиру, кот. у нее на правах собственности.
вы примете наследство после смерти бабушки и станете собственником квартиры.
и можете эту сестру с ее мужем выселить реш. суда к чертовой матери из этой квартиры.
---
если не будет завещания, и ваша мать умрет раньше бабушки, то после смерти бабушки вы будете наследником первой очереди по праву представления- как ее внук.
если не будет др. наследников первой очереди по закону, вы будете единств. наследником и соотв. собственником квартиры,
а если будут др. наследники первой очереди по закону и они тоже примут наследство, то будет квартира в долевой собственности у вас с др. наследником (ками).