Денежная выплата по оплате жку. 1- почему теперь из 2-х бюджетов? 2- кто и как это считает?

Это вы должны знать, какое заявление вы подавали куда - на субсидию по ст. 159 жк рф и/или компенсацию по ст. 160 жк рф.
субсидии из средств субъекта федерации, а компенсация м. б. из фед. бюджета. бюджета субъекта. муниципалитета.
соотв. туда, куда подавали заяву, туда и обращ. за разъяснениями, если приспичило, хотя это на самом деле для вас не имеет никакого значения, откуда деньги берутся.
берутся они на основании нпа, из источников по нпа.
--------
чтобы понятно было.
например вы инвалид и по ст. 17 федерал. закона об инвалидах имеете право на компенсацию, и ее получаете, это из федерал. бюджета деньги.
при этом, даже с учетом этой компенсации, все равно у вас расходы на оплату выше устанавл. в регионе максимума расходов, поэтому вы и на субсидию заяву подавали, соотв. из местного бюджета еще и субсидию получаете.