В моей квартире есть доля моей бабушки.

Можете, если в резалте вся квартира окажется в собственности у вас и вашей жены.
отчуждение доли- обязательна нотариальная форма договора.
купите жене в собственность или вам с женой
на основании договора зарегите переход права собственности, будет зарегено и обременение (ипотека в силу закона), поскольку еще полностью не рассчитались покупатели с продавцом по договору.
обратитесь в пфр договором, выпиской из егрн и пр. доками с заявой о перечислении маткпитала продавцу....
приложите нотариал. обязательство (ваше и жены) - оформить в собственность всем членам семьи с определением размера долей соглашением.
после перечисления денег договор будет исполнен, подадите продавец и покупатель заяву в росреестр о снятии обременения.
к нотариусу пойдете заключать соглашение о выделении долей всем членам семьи- вам, жене и детям.
делить будете эту купленную долю поровну между всеми членами семьи.
понятно, что доли в резалте будут неравными, ибо у кого-то (вы или ваша жена) доля будет больше с учетом имеющейся в собственности по др. основанию до этой сделки, плюс по этой сделке.
на основании соглашения зарегите в егрн всем право собственности на доли.
-------
сразу не покупаете бабушкину долю всем в долевую собственность: вам, жене и детям вашим, ибо ч. 3 ст. 60 ск рф и ч. 3 ст. 37 гк рф запрещены сделки несоверш. с близкими родственниками и близкими родственниками их законных представителей.
делаете как написано выше, чтобы "вдруг" не возникло проблем.