Если в частном доме в плане на стене окно, а на деле вместо него сделана дверь, то чем это плохо для собственника?

Ничем это не обернётся.
это по законам ранее действовавшим, факт продажи и схему объекта могли посмотреть по документу "свидетельство о праве собственности" и к нему тех. паспорт с планом объекта".
с 2015 года - эти документы отменены. теперь факт собственности подтверждается лишь наличием регистрации такового в росреестре, и никаких других документов кроме выписки росреестра "о регистрации объекта" ни мфц, ни нотариус ( которые оформляют документ "договор купли-продажи") - не потребуются вообще.
а потому где какие окна или двери - этим службам без разницы.
и даже если первично когда то на участке не было подсобных (сараи, теплицы, бани...) а при продаже - есть - факт для оформления документа о продаже не имеющий значения.
в документе фигурирует кадастровый номер объекта и сумма договорной цены...