Платить ли управляющей компании за выполненную работу или это уже оплачено в коммуналке

Зависит от того, является ли это частью общего имущества и соответствует ли проекту. если батареи индивидуальные, как в новых домах, а не часть общего стояка, как в советских, то платить нужно. если ответвления и краны установлены самовольно, то тоже.