Почему налоговые органы не уполномочены на возбуждение уголовных дел?

Потому что неуплата налогов не является уголовным правонарушением, а всякой смежной уголовкой (мошенничество, подделка документов, ..), с которой сталкиваются налоговики, уже занимается прокуратура - незачем дублировать функции.