В какую инстанцию жаловаться если в коммунальной квартире находящейся в долевой собственности

Прописаться в квартире нельзя. можно - зарегистрироваться. вы определитесь квартира коммунальная или долевая собственность. одно не вытекает из другого. и в принципе понятия не совместимые. регистрацию производят специальные должные лица, а потому мало вероятно, что они совершат незаконную регистрацию (сейчас они получают зарплату из бюджета, а после производства незаконной регистрации пойдут искать место в народном хозяйстве, которое на сегодня в россии не стабильно). однако, если вы считаете, что в своих выводах не ошибаетесь, то сначала подайте жалобу прокурору для проверки обстоятельств произошедшего. с материалами проверки вы вправе ознакомиться. если ваши выводы подтвердятся, и после прокурорской проверки вопрос еще остнется актуальным, тогда и пойдете в суд.