Физ. лицо хочет купить квартиру, которая принадлежит ооо, зарегис. на кипре. каковы могут быть риски?

Главное - об этом спросить на развлекательном ресурсе, вроде ответов.
потратьтесь на юриста, на сопровождение сделки (не риэлтора). он проведет экспертизу и объекта и субъекта, проанализирует договор и тем самым снизит возможные риски. любые.
ооо зарегистрировано на кипре, видимо, давно, как в бывшей оффшорной зоне, и то, что продает квартиру - обычная хозяйственная деятельность. а вот договора надо читать и понимать, что там написано и какие последствия. и не только договора с ооо, а и с физическими лицами и любыми другими - тоже.