Может ли председатель снт, работающий на 0,5 ставки, получать зарплату в размере 0,5 мрот?

Да, это возможно. если оформляете в трудовом договоре ему не не полный рабочий день, к примеру 4 часа в день, указываете что это 1/2 ставки и платится половина мрот.
но можно еще проще.
дело в том что законодательство не требует заключения трудового договора с руководителями некоммерческих организаций, в том числе и снт. можете на общем собрании утвердить ему любой размер вознаграждения ежемесячно, ежеквартально или ежегодно.

статья 17 закона № фз-217 относит к исключительной компетенции общего собрания членов товарищества избрание органов товарищества, в том числе председателя товарищества. а также определение условий, на которых осуществляется оплата труда председателя товарищества, членов правления товарищества, членов ревизионной комиссии (ревизора), а также иных лиц.

при этом ни данный закон, ни иные нормативно-правовые акты не содержат положений, обязывающих оформлять именно трудовые отношения с председателем.