Обжаловать протокол можно ли?

Можете обжаловать и протокол, но протокол - это только первичный документ, привлечение к административной ответственности производится постановлением, которое в вашем случае выносится судом. вы можете участвовать в рассмотрении этого дела судом, а значит и сможете возразить по протоколу.
если же вы уже получили постановление, ошибочно назвав его протоколом, то о перспективах его обжалования, можно говорить только после ознакомления с ним.