Если после подачи искового в суд, ответчик соглашается на условия, но за подготовку иска уже оплачено и пошлина, надо

Что ж вас ваш оплаченный юрист не консультирует-то? кто иск готовил.
у вас дело уже в суде. до того, как подать иск, вы и переговоры с ним говорили, и претензии слали, и иск высылали. когда иск попал в суд - он еще пару дней не принимался к производству, можно было отозвать (по гк до 5 дней, по факту мб меньше).
сейчас дело уже в суде, а ответчик только проснулся и согласился на условия. значит, недостаточно его теребили. недоработка менеджмента организации, а не юристов. можно было додавить на стадии претензионного урегулирования.
теперь вы можете с ним только заключить мировое соглашение, и включить туда фактически понесенные вами судебные издержки. и пошлину, и оплату за составление иска. и принести это мировое в суд, на первое заседание, и подписать в присутствии судьи. судья утвердит, вынесет определение и прекратит дело. и тогда уже это мировое соглашение надо будет исполнять.
ответчику это будет плата, что вовремя не спохватился и вверг вас в такие убытки. а если с ответчиком сохранится спорная ситуация, даже по вопросу распределения судебных издержек - значит, пусть суд слушает дело. и не факт еще, что удовлетворит требования. и это уже ваш риск. тоже - плата за недоработку менеджеров - руководителей работ.
вариант - ответчик приходит в суд и признает иск. суд выносит решение, через месяц оно вступает в силу, и если ответчик добровольно еще не исполнил - несите решение судебным приставам.