Можно ли прописать несовершеннолетнего в квартиру к отцу, если он не является нанимателем, а только прописан в квартире?

Можно. Если квартира находится в собственности. Если квартира находится в социальном найме,тогда с согласия всех проживающих. И в этом случае отец является нанимателем как и все кто имеют право проживать в этой квартире.