ООО хочет исключить коды ОКВЭД, которых НЕТ в Уставе,но ОНИ ЕСТЬ в выписке из ЕГРЮЛ. Подавать в налоговую форму 14001?

Подавать,если очень хочется исключить вид деятельности. Хотя вовсе не обязательно. Ведь наличие какого-либо вида деятельности в ЕГРЮЛ вовсе не означает ,что ООО обязательно занимается этим видом деятельности. Это у некоммерческих и унитарных организаций виды деятельности перечисленные в Уставе должны обязательно совпадать с видами деятельности,указанными в ЕГРЮЛ. Порядок заполнения заявления о внесении в ЕГРЮЛ изменений в сведения о юридическом лице, не связанных с внесением изменений в учредительные документы (форма N Р14001), предусмотрен разд. V Методических разъяснений по порядку заполнения форм документов, используемых при государственной регистрации юридического лица, утв. Приказом ФНС России от 01.11.2004 N САЭ-3-09/16@. При внесении изменений в сведения о видах экономической деятельности юридического лица знак "V" проставляется в п. 3.6 "Сведения о видах экономической деятельности" и заполняется лист З, а также указывается общее количество видов экономической деятельности.