Как воспрепятствовать произволу работодателя при разработке им должностных инструкций

Легко. ДИ является дополнением трудового договора (уточняет трудовую функцию), ст.57 ТК РФ просто не подписывайте это дополнение и всё, ст.72 ТК РФ без вашей подписи возложить на вас иные обязанности невозможно...