Решением суда, гражданин признан без вести отсутствующим. можно ли его выписать из квартиры?

Да можно. на основании закона "о праве граждан рф на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах рф" снятие гражданина российской федерации с регистрационного учета по месту жительства производится органом регистрационного учета в случае - признание безвестно отсутствующим - на основании вступившего в законную силу решения суда.