Может ли жена- собственник квартиры, выписать мужа- не собственника без его согласия?где он находиться неизвестно.

Выписать не сможет. Нет прописки в России. Может обратиться в суд и признать бывшего супруга утратившим право пользования жильем. PS И не надо доказывать никакого отсутствия в течение шести месяцев, это бред. PPS Вы забыли указать главное, при каких обстоятельствах супруга стала собственником жилья, до брака или после.