Имеет ли право налоговая не принимать декларацию по учёбе, так как не сдана декларация о продаже машины и начислен штраф.

Да не имеет она права не принимать декларацию. но, видимо, вы не сдали декларацию по ндфл с продажи машины, а тут пытаетесь получить налоговый вычет по учебе, а это снова та же декларация по ндфл, так что вам надо действительно правильно оформить эту саму декларацию по ндфл, указав в доходах продажу машины, а в вычетах расходы на учебу. неуплата штрафа не влияет на факт приёма. за неуплату в срок получите пени. если не можете сами разобраться с декларацией, как её правильно заполнить, обратитесь к окружающим (не только в интернете). если я правильно понял обстоятельства вашей ситуации.