Как быть если одно предприятие не признает протокол разногласия т.к. он не прописан в договоре другой юрид. стороной

Протокол разногласий и не должен быть "прописан". должно быть указание в договоре, там, где он подписывается соответствующим уполномоченным лицом ," с протоколом разногласий". тогда ясно, что таковой был, можно установить какие условия при заключении договора не были согласованы и можно сделать вывод, является ли договор вообще заключенным, если окажется, что сторонами не согласованы его существенные условия. а если в договоре указания на протокол разногласий нет, то нет и доказательств того, что он был при заключении договора. может, вы его решили сегодня составить? так что, если нет соответствующего указания в договоре и если нет иных письменных доказательств направления другой стороне протокола разногласий к договору другая сторона вправе оспаривать сам факт наличия разногласий при заключении договора, оформленных в виде протокола.