В ооо 2 учредителя. один желает выйти и забрать внесенную в кач-ве увеличения уст.капитала недвижимость.

В принципе этот вариан возможен..., но на практике практически не встречется. два пути: 1-й - делайте так как сказали, оформляйте решение общего собранияв котором прописывайте, что в качестве действительной стоимости доли вышедшего участника будет такое-то здание, а потом с этими проектами бумаг вам нужно заручиться пониманием с стороны вашей ифнс и росреестра.
либо второй вариант (гораздо более простой) - продайте это здание нафиг второму участнику, т. е. юрик продает физику, а потом уже собственник либо продает свою долю в ооо оставшемуся участнику за шапку сухарей, либо выходит из общества.. .
как-то так!