Налоговая отказала в закрытии ип

Отказ в прекращении регистрации в качестве индивидуального предпринимателя по этому основанию совершенно незаконен.
во-первых, закон № 129-фз не содержит запрета на проведение регистрации при наличии у индивидуального предпринимателя какого-либо долга - требуется лишь справка из пф рф. причём не об оплате долгов, а всего лишь о представлении всех документов.
во-вторых, даже эту справку предоставлять самому не обязательно. если она в документах отсутствует, налоговики обязаны запросить её сами.
долги, как раз-то, с бывшего ип взимать достаточно просто. поскольку ип отвечает по долгам всем своим имуществом и прекращение его деятельности его от этой обязанности не освобождает. ведь ип - это человек, гражданин, и от того, что он больше не предприниматель, он никуда не исчезает.
все различие в том, что у действующего ип задолженности по страховым взносам можно было списывать в бесспорном порядке, а у бывшего - только через суд. каковые пф рф выигрывает в 99,99 % случаев.
так что наличие задолженности - любой, хоть в пенсионный фонд, хоть по налогам - основанием для отказа прекращения ип не является.
обжаловать такой отказ нужно.
смущает дата, которую вы указали. дело действительно было в 2013 году? если да - то сроки вы пропустили.
если же отказ был в августе этого года, то вам необходимо обжаловать его или в вышестоящем органе (управлении фнс по вашему региону) или в арбитражном суде. сроки у вас весьма сжатые - три месяца со дня, когда вы узнали о неправомерном решении (это дата получения вами решения об отказе).