Как закрыть ип с долгами в пенсионном фонде?

В пенсионом фонде могут утверждать, что угодно. им выгодно - поскольку пока вы числитесь ип, "капают" фиксированные взносы, увеличивая сумму выплат.
на самом деле никакие долги ип вообще (в том числе и по налогам, и по взносам) не мешают человеку прекратить регистрацию в качестве ип. для этого надо всего лишь подать заявление в налоговую инспекцию + оплатить пошлину (160 рублей) .
документы из пенсионного фонда налоговики получат сами. причём именно задолженность при ликвидации - не помеха. главное: должны быть сданы все необходимые формы отчётности. если так и есть (или вы вообще ничего не должны были сдавать в пф) , то прекращению регистрации ничего не мешает.
в дальнейшем пф рф все равно будет взыскивать задолженность, но уже как с обычного гражданина - в судебном порядке.