Заключили договор, подрядчик (на усн) выставил счет и счет-фактуру без ндс, а в договоре с ндс, что делать, платить ндс?

Ндс включается в общую сумму платежа. если компания применяет усн, то это не уменьшает сумму договора на ндс, поэтому платите всю общую сумму, только в назначении платежа вы не указываете отдельно сумму ндс. в договоре про ндс опечатка, которая не действует с момента подписания договора.