Вопрос по вступлению договора, заключенного между 2-мя организациями, в силу.

Если договор подписан надлежащими обеими сторонами, то такой договор считается заключённым, а то, что одна из сторон потеряла свой экземпляр, роли не играет.
та сторона, у которой есть договор, сможет в судебном порядке обязать сторону без своего экземпляра договора выполнить принятые на себя обязательства, и наоборот, сторона без своего экземпляра договора на руках не сможет обязать сторону исполнить обязательства, т. к. ей нечем доказать наличие договора.