Я буду подавать документы сначало на бюджетное место, а если не пройду по баллам атестата то накомерческое отделение.

Нет. предоставляются документы в 1 экземпляре.
помните, что конкурс отдельный - дневной бюджет, дневной контракт, вечерний бюджет, вечерний контракт, заочный бюджет, заочный контракт;

вы можете подать 3 заявления на дневной бюджет, 3 на вечерний бюджет, 3 на заочный бюджет и 1 на контракт (дневной, вечерний или заочный);

после ввода заявлений перейдите в кабинет и проверьте, все ли заявления смогут участвовать в конкурсе, если в строке заявления в колонке «условие» стоит фраза «не преодолён минимум по предметам», то это может означать, что ваши баллы егэ по какому-либо предмету (если они были введены) меньше, чем баллы установленные факультетом, при подаче документов лично вам об этом скажут, но при посылке документов по почте эти заявления будут просто ануллированы;

в конкретный момент времени рассматривается только одно ваше заявление (с высшим приоритетом);

если ваше заявление с приоритетом 1 не проходит по конкурсу, то есть сумма баллов ваших результатов егэ меньше, чем проходной балл на направление подготовки, то система автоматически переходит к заявлению с приоритетом 2 и т. д.;

проходной балл - сумма баллов егэ у абитуриента, который занимает место № в списке заявлений на направление подготовки (№ - контрольная цифра приема на направление подготовки);

пожалуйста, не ставьте на 1 место заявление на контракт, все остальные заявления, скорее всего, пропадут;

изменить порядок приоритетов можно и после подачи документов (необходимо будет подать письменное заявление в приемную комиссию), заявление об изменении порядка приоритетов вы можете найти на странице «документы почтой».