Если допустим один из собственников квартиры, не прописан, не проживает в квартире, обязан ли он оплачивать жкх?

Как минимум - за отопление, за содержание... и так далее.

по поводу второго собственника - или, вопрос с оплатой решается полюбовно, или же в соответствии с решением суда.

по поводу "занимает её полностью" - оба собственника имеют равные права пользования всей квартирой (опять же, если иное не достигнуто договорённостью, или же, порядок пользования определён решением суда)