Имеет ли право муниципалитет продавать нежилое помещение в подвале, если через это помещение проходит

Если помещение принадлежит муниципалитету, то он в праве делать с ним, что угодно.
не все подвалы относятся к общему имуществу, задолго до введения этой нормы подвал мог иметь своего пользователя, ставшего в дальнейшем собственником. но после покупки, вы не должны препятствовать пользованию общими коммуникациями в этом подвале, даже без сервитута.