Пени по договору аренды.

Здравствуйте, пункт в договоре (аренды земельного участка) гласит « арендная плата вносится арендатором ежеквартально равными частями из расчета за календарный год, не позднее 10 числа начала каждого квартала.
так же прописано:
1.за неисполнение или ненадлежащие исполнение условий договора виновная сторона несет имущественную или иную ответственность в соответствии с действующим законодательством и настоящим договором
2. в случае невнесения арендной платы в установленный настоящим договором срок, арендатору начисляется пеня в размере 0,7 % от суммы недоимки за каждый день просрочки.

из этого, прошу помочь в моем случаи, если была оплачена аренда за 1 квартал только 95 % от суммы ежеквартальной, но потом спустя 39 дней была доплата этих 5 %.
то в таком случае : пеня начисляется? или она может начисляться, как неполная уплата аренды ежеквартал. и данный случай должен быть прописан в договоре?
спасибо заранее!

примечание:
оплата за 1 квартал, беру как 100 % (т. е. все 4 квартала 400 %) (для пояснения)