Лицензия мед. организации выдана самарским минздравом, но сама организация находится в москве?

Думаю да, лишь бы оформлена была верно и соответствовала санпинам россии.
сейчас же система госзакупок, кто дешевле предложил, тот услугу и оказал, хоть с владивостока))
по крайней мере в отношении услуг сэс и аккредитации рабочих мест именно так - лишь бы соответствовало законодательству россии.