Начало работ с заключения договора или с задания на проектирование?

Бессмысленный вопрос.

договор это договор, он порождает права и обязанности сторон.

а вот в самом договоре, в соответствии со ст. 708 гк рф должны быть начальный и конечный срок выполнения работ, а по желанию ещё и промежуточные.