Налог ндфл уплачен не в ту налоговую инспекцию

Увы, такое рассматривается как неисполнение обязанностй налогового агента. тем более, что регионы, в которые должен был поступать налог - разные.
надеюсь, обособка зарегистрирована по г. анапе?

первым делом, нужно привести в порядок отчетность. в такой ситуации вы должны были предоставлять отчет формы 6-ндфл за 1 квартал и 1 полугодие в две инспекции:
- по работникам головного офиса - в инспекцию по г. москве,
- по работникам обособки - в инспекцию по г. анапе.
если это было не так, учет нужно будет разделить.
в московскую инспекцию предоставить уточненные расчеты 6-ндфл, чтобы снять лишние начисления - и тем самым показать наличие излишне уплаченных сумм.
в инспекцию по г. анапе предоставить первички, чтобы начисления произвести.

второй этап - платежи.
обращаться вам нужно в инспекцию по основному месту учета - в г. москве. в заявлении нужно укзать, что ндфл перечислялся в большем, чем необходимо размере, и просить произвести зачет излишне перечисленных сумм в инспекцию по г. анапе (обязательно указывайте рекивзиты этой инспекции и, самое главное, правильный октмо - бюджет, в который должны попасть эти деньги).
будьте готовы к тому, что у вас попросят подтверждение, что суммы действительно "лишние". за 1 квартал и 1 полугодие этот факт подтвердит расчет 6-ндфл, за 3 квартал - могут попросить данные налогового учета, например (у каждой инспекции тут обычно свой подход).
московская инспекция и будет делать так называемый межрегиональный зачет. вас об этом обязаны будут известить.
имейте в виду: исполняются такие зачеты довольно долго (до месяца), так как проходят казначейства сразу двух регионов.

теперь о последствиях.
деньги должны были поступать в бюджет другого региона. поэтому платежи встанут не датой фактической оплаты, а датой решения о зачете (так по закону).
значит, имеем нарушение сроков уплаты ндфл. т. е. пеню. она будет обязательно (размер зависит от размеров платежей).
далее: налицо нарушение обязанностей налогового агента. это штраф по статьей 123 налогового кодекса - 20 % от суммы, которую нужно было перечислить. размер штрафа, увы, не зависит от того, что нужный налог уже поступил - он все равно будет. можно попытаться его уменьшить по ходатайству (будет у вас на это время после завершения проверки расчетов и написания акта инспекцией), скажем, по причине того, что нарушение совершено впервые, сумма перечислена и так далее. но не обязательно это получится.
если расчеты 6-ндфл в анапу не сдавались и вы сдатите их только сейчас, будет еще штраф - по пункту 1.2 статьи 126 налогового кодекса. за каждый расчет - их уже должно было быть два:
- 02.05.2017 - за 1 квартал,
- 31.07.2017 - за 1 полугодие.
штраф составляет 1000 руб. за каждый полный или неполный месяц просрочки, т. е. если расчет сдавать, скажем, 02.10.2017, то штраф будет такой:
- за расчет за 1 квартал - 5000 руб.,
- за расчет за 1 полугодие - 3000 руб.