Как сделать соглашение на распределение доли?

Если я вас правильно понял, то сейчас в этой 4-х комнатной квартире у вас два объекта долевой собственности - 1 комната (по 1/3 доли у каждого) и 2 комнаты (по 1/3 у каждого из вас).
если ваше право долевой собственности (каждого из вас троих) на каждый из этих двух объектов общей собственности уже зарегистрировано в егрн, то вам остается только заключить договор мены своими долями..
вы и брат (каждый из вас) передаете в собственность маме свою 1/3 доли (т. е. всего 2/3) в 1-й комнате, а мама передает вам и брату свою 1/3 доли (каждому по 1/6) в 2-х комнатах. в договоре указываете, что объекты мены признаются равнозначными по стоимости (или оговариваете кто, кому и сколько доплачивает.
договор мены долями удостоверяете у нотариуса и сдаете в росреестр для гос. регистрации права собственности - у мамы в единоличной собственности 1 комната, а у вас с братом - 2-е комнаты на праве общей долевой собственности по 1/2 (1/3 + 1/6) у каждого.
вкратце, как-то так!
но готовьтесь, что нотариус с вас слупит по тариф, исходя из кадастровой стоимости ваших комнат, а потом еще и налог (по ставке 13 %) на доход от мены (и тоже исходя из кадастровой стоимости с понижающим коэффициентом 0,7 и за минусом 1 млн. руб. на каждого) может тоже придется платить...
но с деталями всего этого думаю, что придется разбираться не виртуально, а в юристом в реале...