Юридическое лицо - налоговый номер выписать из паспорта или свидетельства от регистрации в министерстве юстиции?

Налоговый номер - инн, возьмите из свидетельства налоговой инспекции.
в свидетельстве о регистрации - огрн, регистрационный номер, это не про то.
и у вас, видимо, давно созданное юрлицо, потому что сейчас регистрационные документы делает не минюст, а налоговый орган. если у вас, конечно, не какая-нибудь интересная общественная организация.
там везде указана альтернатива, если налогоплательщик физлицо - пишете его фио и либо инн, либо паспортные данные.
если юрлицо - пишете его наименование и инн.
что ж ваш начальник вам ничего не подсказывает. или тоже сам - от сохи...