Когда выигрываешь тендер, заказчику нужно платить какой то процент. типа гарантия. как его оплачивать?

При размещении тендера, на сайте проводящем торги размещаются и условия этих торгов. если по условиям имеются авансовые платежи, то они вносятся до момента допуска вас к торгам, иначе вас не допустят к торгам.
далее договор заключается на условиях сложившихся по окончанию торгов. пример тендер был на 1,5 млн. р. по результатам торгов победитель обязался выполнить работу (поставить оборудование) за 1,2 млн. р. вот на эти 1.2 млн и заключается договор (договор в документах конкурса есть). вы исполняете договор и получаете деньги. по закону никому больше платить не надо.