Здравствуйте. каким должен быть задаток при покупке жилья под мат кап с доплатой?

Это продавец предлагает покупателю, покупатель может и не соглашаться.
задаток, аванс и первоначальный платеж по договору купли-продажи- разные вещи.
мфц ничего не просит (особенно денег) при "подписании".
стороны свободны в заключении договора. стороны согласуют в договоре предмет договора выкуп. стоимость, сроки и порядок исполнения обязательств по договору.
обязательства сторон возникают на основании договора.
задаток или аванс покупатель платит продавцу как обеспечит. платеж до заключения договора купли-продажи. оформл. соглашением. но это необязательно.
можно и предварит. договор заключить, по кот. у сторон обязательства заключить договор купли-продажи на условиях, согласованных сторонами в предвар. договоре. срок действия предвар. договора.
и заплатить можно при заключении договора часть выкуп. стоимости жилого помещения, а др. часть- по дог. - маткапиталом в таком-то порядке.
-----------
непонятно, что именно вас смущает, из текста вашего вопроса понятно,
что выкуп. стоимость жилого помещения по договору больше размера маткапитала,
и очевидно, что часть оплаты, кот. из ваших собственных средств, надо каким-то образом, согласовав в договоре, заплатить продавцу.
а когда именно, и налом или безналом- решать сторонам.
продавец предлагает, чтобы половину стоимости квартиры покупатель заплатил при заключении договора.
а покупатель (вы) что предлагает?
какое условие о сроке и порядке оплаты он предлагает продавцу?