Скажите почему у нас в череповецком районе плата за тепло берется за май и сентябрь берется за полные месяца .

Не знаю, что и за что у вас начисляют, но по 354 пп это должно быть так

42(1). оплата коммунальной услуги по отоплению осуществляется одним из двух способов - в течение отопительного периода либо равномерно в течение календарного года.

42(2). способ оплаты коммунальной услуги по отоплению в течение отопительного периода применяется с начала отопительного периода в году, следующем за годом, в котором органом государственной власти субъекта российской федерации принято решение о выборе такого способа, а способ оплаты коммунальной услуги по отоплению равномерно в течение календарного года - с 1 июля года, следующего за годом, в котором органом государственной власти субъекта российской федерации принято решение о выборе такого способа.
в случае принятия органом государственной власти субъекта российской федерации решения об изменении способа оплаты коммунальной услуги по отоплению исполнитель осуществляет корректировку размера платы за коммунальную услугу по отоплению в i квартале календарного года, следующего за годом, в котором происходит изменение способа оплаты, в соответствии с формулой 6(1) приложения n 2 к настоящим правилам.

это не полный текст, а выдержки.
ваша региональная власть выбирает способ оплаты в регионе (надо смотреть ваши региональные нпа) и тепловики обязаны работать по решению региона, принимая ту или иную формулу расчета и период оплаты.
если не так, то обращайтесь в жилищную инспекцию и прокуратуру.