Налоговый вычет за покупку квартиры

Естественно.
собственно именно в этом и заключается проверка, которая идет три месяца: в проверке не только формальных расчетов, но и правомерности использования вычета вообще, соблюдения условий его получения и наличия подтверждающих документов. если в результате будет установлено любое несоответствие или нехватка подтверждающих документов, вас обязательно об этом известят: направят уведомление о предоставлении пояснений (или уточнении), при наличии телефона - могут продублировать запрос и по нему.
время на предоставление нужных документов обычно оговаривают в самом запросе (понятно, что затягивать нежелательно).
при выявлении ошибок они исправляются подачей уточненной декларации.
единственное последствие: при предоставлении уточненной декларации срок проверки начинает течь заново, т. е. сроки возврата вычета могут измениться на более поздние.