Может ли работодатель заставить работника работать в период самоизоляции? или уволить его за не выполнение приказа?

Так-то, указ президента не всем указ, там же сказано, что на усмотрение местных властей с учетом эпид. обстановки в конкретном регионе. кроме того, есть перечни сфер деятельности, которым разрешено работать. если в вашем регионе ваша организация в этот перечень попадает, то вы работаете. если не попадает, то можете на работу не выходить, это ваше право не зависимо от того, что там говорит ваш начальник. другой вопрос, что после окончания карантина с вами расстанутся, найдут для этого законные основания.