Отличается ли сумма оплаты за квартиру у прописанных и не прописанных в ней собственников?

Конечно, отличается. Когда есть прописанные, платишь по полной, в том числе за израсходованные внутри квартиры электроэнергию, холодную и горячую воды и так далее. Когда же собственник не прописан, платит только за оказанные услуги. То есть, к примеру, влажная уборка в подъезде делается независимо от того, прописаны Вы или нет, Ваше помещение отапливается, даже, если Вы не проживаете и так далее