Зачем организации пишут письмо нотариусу про отмену выжанных доверенностей, если срок доверенности истек?

Да наверное для подстраховки. Будет такое сообщение, не будет, нотариусу уже все равно. Срок доверенности истек и никакой правовой силы она не несет. Это уже просто никому не нужная бумажка. И уж тем более за такую доверенность не несет ответственности нотариус. Даже если такую доверенность подделают, в архиве у него есть копия (или запись в реестре со всеми данными и подписями).