Договор подряда между физ. лицом и ооо. помогите разобраться с налогами

Как избежать двойного налогообложения?

никак.

у обычного физлица, не ип не адвокат/нотариус, нет вычетов связанных с приносящей доход деятельностью (профессиональные).

поэтому все что удержит ооо, то пойдет государству, если конечно у данного физика не образуется иных вычетов (социальные за лечение/обучение, имущественный по покупке жилья и т. п.).

для государства полученное от ооо - доход, а то что физик отдал субподрядчику не волнует.