Как просходит покупка жилья под мат кап с доплатой?

Договор не "подписывается через мфц".
согласуйте существенные и прочие условия договора с др. стороной.
об этом проконсультируетесь у юриста: какие бывают условия, порядок и сроки исполнения обязательств по договору, выберете удобные, безопасные для сторон.
идите составлять и оформлять договор к юристу или к нотариусу (паспорта сторон, свидет. о рожд. детей, доки по объекту недвижимости).
потом подпишите договор- заключите его.
потом пойдете в мфц или росреестр- подавать заяву о регистрации перехода права собственности на покупателя, если это предусмотрено договором.
проконсультируетесь у юриста сколько и куда платить кому госпошлину за рег. перехода права.
потом, получив выписку из росреестра о праве собственности,
пойдете с ней, договором, паспортом, сертификатом и пр. доками- в пфр- подавать заяву об использ. маткапитала на улучш. жилусловий, перечисления денег по договору продавцу.
будет зарегено право собств. на покупателя с обременением (ипотека в силу закона), поскольку все обязательства не исполнены, после окончат. расчетов по договору совместным заявлением сторон в росреестр или мфц погасите запись об ипотеке (безвозмездно).
если это договор с рассрочкой платежа и переход права собственности на покупателя не предусмотрен договором до полного исполнения обязательств сторонами, то не надо в мфц или росреестр с заявой о регистр. перехода права, сразу с заключенным договором в пфр - подавать заяву о перечислении денег продавцу.
после исполнения всех обязательств с доком, подтвержд. исполнение обязательств (акт) с покупатель и продавец подадут заяву о переходе права на покупателя на основании договора.