Когда банк, в который сдан жилищный сертификат, проверяет сделку покупки квартиры: до гос регистрации или после неё?

Так договор читайте. сам по себе банк не получает право проверки сведений об объекте недвижимости в реестре прав на недвижимость просто при сдаче сертификата, и даже при наличии между профильным министерством и банком соглашения о сотрудничестве в рамках реализации определенной программы. министерство же не может передать право кому либо по проверке личных данных участников программы и тем более продавцов, они тут вообще никаким боком. поэтому это должно быть обязательно указано вашем договоре с банком, если таковая проверка банком проводится.
есть перечень документов, который сдается в банк для перечисления средств продавцу, эти документы приносят в банк их проверяет и даёт заявку министерству на причисление денежных средств на закрытый счет участника программы (владельца сретификата), и затем с этого счета на счет продавца. такой порядок по молодым семьям, но думаю по сверянам он не отличается.