Я собственник 1/3.Отец 2/3 дома.Я там не живу более 3-х лет.Имеет ли он право без меня кого то прописать?

Если нет выдела доли, то нет. Только с Вашего согласия. Без вашего согласия ваш отец может прописать только свою новую жену. Кстати очень важно оплачиваете ли вы расходы по содержанию дома и налоги. Через суд ваш отец может обязать вас выплачивать ему алименты. Без вашего согласия он может подарить часть своей доли кому угодно без вашего согласия, если вы ему не дадите разрешения на прописку. Для более точного ответа важны детали. Можете прислать вопрос на мой е-mail.