При оплате госпошлины на закрытие ИП вместо квитанции выдали чек - не возникнут ли проблемы из за этого в налоговой?

Проблем не возникает, проверено на собственном опыте и не только в налоговой, но и в других госорганах, где требуется уплата госпошлин. Сейчас не только Сбербанк такое практикует, но и некоторые другие банки. Так что, не переживайте, смело подавайте пакет документов - если в остальном не "накосячите", квитанция будет принята. Только реквизиты в самой квитанции - портянке проверьте, могли операционисты промазать цифирькой.