Может ли собственник. квартиры который прописан в ней , выгнать того кто не собственник но прописан ?

Может, но ТОЛЬКО в судебном порядке. Придется доказывать, что этот "прописанный не собственник" утратил право проживания, а то и не приобретал его ранее... Это в общих чертах, а для более конкретного ответа нужна более подробная информации, чего в вопросе нет. Но в любом случае, регистрация собственника в этой квартире (или в какой-либо другой), а также наличие у него в собственности другого жилья - значения не имеет. Существенное значение имеет, прежде всего, наличие (или отсутствие) у этого "прописанного"каких-либо прав на проживание в этой квартире... Удачи