В договоре купли-продажи дома с земельным участком нужно писать реальную стоимость сделки, или лучше её занизить?

Если укажете заниженную стоимость, а покупатель обратится в налоговую за вычетом, попадёте по полной программе. То, что в договоре стоимость занижена - ерунда, потому что покупателю Вы всё равно напишете расписку о получении полной суммы денежных средств, иначе сделки не будет.