Смена генерального директора, подскажите какой порядок действий ?

Смотря где. В каждой организационно-правовой форме учреждения порядок может быть разным, но принцип один. С гендиректором изначально заключается (срочный трудовой договор или контракт). В нем прописано за что его можно пнуть. А как это делается прописано в Уставе организации.