Изымает ли прокуратура документы на квартиру при аресте этой квартиры?

Не изымают! это не правомерно! это тоже самое, что и паспорт у вас отобрать! накладывают арест в росреестре, т.е. таким образом вы не сможете совершать сделки с данной квартирой! их просто не зарегистрируют. если когда это произошло в 1999г., то возможно в росреестре о вас вообще нет данных, т.к. тогда и росреестра могло вообще не быть. Вам в прокуратуру и надо обращаться.